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El veredicto fue adoptado durante una sesión pública en la que dos de los tres ministros de la Corte se pronunciaron a favor de enjuiciar a Echeverría y Moya, bajo el argumento de que en su caso no prescribió el genocidio, dado que durante el tiempo que ocuparon sus cargos gozaban de inmunidad.
El 27 de julio de 2004, la Fiscalía Especial para Movimientos Sociales y Políticos del Pasado apeló la decisión de un juez de negar las órdenes de aprehensión contra 11 acusados -entre ellos Echeverría- de la matanza de estudiantes del 10 de junio de 1971.
El fiscal especial Ignacio Carrillo solicitó que la Suprema Corte interviniera en el caso contra Echeverría, acusado de autoría intelectual de la matanza.
En su momento, la decisión de sobreseer al ex mandatario dividió a la dirigencia política y motivó pedidos de renuncia del fiscal Carrillo.
"No tenía sentido crear una fiscalía para llegar a la conclusión de que los responsables iban a ser exonerados, pero lo más lamentable es la sospecha de que se utilizó el caso para negociar arriba, en la cúpula", afirmó entonces el alcalde izquierdista de la capital, Andrés López Obrador.
La base de la resolución original del juez es que el delito de genocidio, por el que se acusó a Echeverría, Moya y a otros imputados, ya prescribió, por cuanto es castigado con penas que van de 20 a 40 años, y el promedio es de 30 años, de acuerdo al viejo Código Penal.
Pero el código fue reformado en 2002, para declarar a este ilícito "de lesa humanidad" y por tanto "imprescriptible".
El fiscal especial y organizaciones de derechos humanos alegaban que el delito no había prescrito de acuerdo con los tratados internacionales firmados por México. Finalmente, la Corte Suprema les dio la razón.
Este episodio, junto con la Masacre de Tlatelolco, perpetrada el 2 de octubre de 1968, son los dos capítulos más sangrientos de la época de la represión contra disidentes políticos, que causó al menos 532 desaparecidos.
Echeverría se convertirá así en el primer mandatario mexicano en ser sometido a juicio por la represión de los años 70 y 80, a pesar de pedidos de "perdón y reconciliación" lanzados por dirigentes políticos y por el Ejército.
Entre los funcionarios contra los que la Fiscalía prevé solicitar órdenes de captura, además de Echeverría y quien fue su "mano derecha", figuran el ex procurador general Julio Sánchez Vargas; el ex titular de la desaparecida Dirección Federal de Seguridad Luis de la Barreda Moreno; el ex jefe de la Policía Judicial capitalina Jesús Miyazawa y el fundador del grupo paramilitar "Los Halcones", Manuel Díaz Escobar.
El Partido Revolucionario Institucional (PRI, centro), la principal fuerza de la oposición, que gobernó durante los años de la represión, defendió a Echeverría y a sus ex colaboradores para evitar que sea enjuiciado, bajo el argumento de que se trata sólo de "un acto electorero que daña al Ejército".
