La caída de la superficie sembrada se fue recrudeciendo año tras año, desde casi 1,34 millones de hectáreas sembradas en 1997, a sólo 0,35 millones en la campaña 1999/2000. Esto implicaría casi un 85 % menos y un 50 % menos que la campaña de 1998 donde la superficie sembrada ya había descendido a unas 0,75 millones de hectáreas. Según las estimaciones, la producción sería insuficiente no sólo para exportar sino para las necesidades de la demanda doméstica. El precio del algodón tampoco reacciona en el mercado internacional, donde más del 65 % de la producción mundial recibe subsidios de algún tipo, y que los gobiernos de los distintos países no están dispuestos a suspender. Los EEUU han sido el principal impulsor de este tipo de medidas.
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Según un informe de la Cámara Algodonera Argentina, la crisis algodonera provoca serios trastornos a las economías regionales. Entre ellos, la desocupación y el quiebre financiero de numerosos productores, con el consiguiente problema social. Otro de los efectos que podríamos mencionar es la reducción de 450 millones de dólares en los saldos exportables(U$S 500 millones en 95/96 a U$S 50 millones en 1999), y los U$S 300 millones de inversión en maquinarias sin posibilidad de amortización o uso. También se genera un aumento de costo para la industria local, seriamente afectada por el contrabando que es de público conocimiento, como por las importaciones subsidiadas de productos semielaborados y terminados y la evasión.
Durante las tres últimas campañas agrícolas el clima fue desfavorable para la producción de algodón afectando la calidad del producto. Los bajos precios y los subsidios que otorgan al sector la mayoría de los países (salvo Australia, Argentina y pequeños productores) tuvieron también un alto impacto negativo en la situación.
Para la campaña 1999/2000 la producción algodonera se vio comprometida por la devastadora sequía de toda la zona del NEA que atrasó y finalmente postergó la posibilidad de siembra. Sin la falta de apoyo oficial toda la cadena agro industrial del algodón se vio resentida, con el agravante que las provincias tradicionalmente algodoneras (Chaco, Formosa, Santiago del Estero y Salta) se encuentran en situación financiera muy delicada.
Los principales asuntos por resolver son varios. Primeramente, urge buscar los medios para poder sembrar una superficie que satisfaga a productores, industriales y exportadores. También debería reducirse el IVA algodonero del 21% al 10,5% porque ayudaría a disminuir la evasión y la carga financiera a las empresas.
El otro problema que enfrenta el sector es la competencia con mercaderías subsidiadas de otros orígenes. Para ayudar a la cadena agroindustrial en esta empresa, es necesario desarrollar un sistema que aumente los reintegros a la exportación y realice una devolución del IVA exportador, en tiempo y forma. También se reclama un sistema de seguro agrícola que asegure a los productores contra posibles fallas de cosechas, y la aplicación de bonos de promoción industrial para otros compromisos impositivos. Por último, la devolución del componente impositivo del GASOIL a cuenta de impuestos es otra medida a considerar.