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Pero no todos los eventos de El Niño son iguales. Los vientos alisios (del sudeste del Hemisferio Sur y del nordeste del Hemisferio Norte) que soplan sobre el Pacífico tropical convergen en el oeste del mismo (norte de Australia y sudeste de Asia) cargados de humedad en una zona donde la superficie del mar está relativamente caliente (temperaturas por encima de 28 grados C), lo que provoca que se genere en esa zona una intensa convección (zona de lluvias). Parte del aire que se eleva se vuelve seco por la tropósfera superior hacia el Este.
Los vientos alisios empujan a las corrientes oceánicas superficiales que fluyen hacia el Oeste y provocan un aflojamiento de aguas profundas cerca de las costas del este del Pacífico. Cuando comienza una situación de El Niño los alisios se debilitan, las aguas cálidas retroceden y se instalan en el Pacífico central.
Los centros nubosos abandonan Indonesia y Australia provocando sequías y se desplazan hacia el Pacífico, acompañados por lluvias intensas que se extienden hasta las costas de Sudamérica, con epicentro en la Argentina.
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