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La Comisión tendrá a su cargo definir una estrategia para preservar el estatus sanitario de la región, de acuerdo al Código de la OIE, homologará las normas de vigilancia epidemiológica y establecerá una metodología de trabajo y severos sistemas de control a las importaciones y tráfico de productos y subproductos de origen animal.
Entre sus objetivos específicos también figuran establecer criterios para el diseño de muestreos; control de la producción, transporte, comercialización y uso de los subproductos de faena y de alimentos para animales; elaboración de planes de contingencia y redacción de manuales de procedimientos operativos; identificación de factores de riesgo de cada EET, sistematizar los análisis de riesgo y mantener actualizada la información vinculada a la salud pública que se relacionan con la BSE o
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