Un jugador de Selección

Cáceres vistió la camiseta celeste y blanca entre 1992 y 1997, y obtuvo en 1993 la Copa América.

En 1986, Fernando Cáceres debutó en la Primera División jugando para Argentinos Juniors y luego pasó a River, equipo con el que dio una vuelta olímpica, al obtener el torneo Apertura, en 1991. En 1993 fue vendido al Real Zaragoza, donde ganó la Copa del Rey en 1994 y la Recopa de Europa en 1995, para luego regresar a la Argentina en 1996 y jugar en Boca, bajo la dirección de Carlos Bilardo, convirtiéndose en el primer jugador adquirido por el grupo inversor del club que en esos años estaba en manos de Mauricio Macri.

En 1997, volvió al fútbol europeo, pasó al Valencia y luego al Celta de Vigo, donde jugó hasta 2004. Luego, regresó a jugar en la Argentina, primero en Independiente hasta 2006 y luego en Argentinos Juniors, donde se retiró en 2007. Además, Cáceres tuvo un importante paso por la Selección nacional, donde jugó 24 partidos oficiales entre 1992 y 1997, dirigido por Alfio Basile y Daniel Passarella y obtuvo la Copa América en 1993 disputada en Ecuador. Participó del Mundial en Estados Unidos de 1994.